Favicon получен, и не важно через онлайн генератор или просто из коллекции иконок, главное что он у вас на компьютере. Остается добавить его на сайт. По умолчанию его достаточно закинуть в корневой каталог сайта, и бот яндекса самостоятельно его отыщет и проиндексирует. Но есть и тонкости, связанные с использованием современных CMS.